和田地区环境保护局机关核定行政编制 10 名，其中核定县处级领导职数 4 名，含纪检组长（正县 2 名、副县 2 名），科级领导职数 5 名（正科 3 名、副科 2 名）；核定事业（工勤）编制 4 名。

和田地区环境保护局设 3 个内设机构。

1.办公室。核定行政编制 3 名（正科 1 名、副科 1 名），事业（工勤）编制 4 名。

负责指导国家、自治区环境保护政策及法律、法规在地区的贯彻执行和执法工作的监督检查；负责文电、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、安全、保密、信访、政务公开、机关及事业单位财务、职称管理等工作；组织协调办理人大代表建议和政协委员提案工作。负责处理环保行政案件的复议和应诉工作；负责环境保护法规和环境标准执行情况的监督工作；指导协调全地区的环境保护宣传教育工作；承担机关党建、纪检监察、离退休干部管理、人才队伍建设等具体工作。

2.自然生态科。核定行政编制 1 名（正科 1 名）。

执行国家有关生态保护的法律、规章、标准并监督执行；监督管理地区自然生态保护工作，提出设立自然保护区的审批建议；监督对地区生态环境、自然资源开发有影响的开发活动；负责生态修复项目的审核、申报工作，指导全地区生态环境保护、湿地环境保护、生物多样性保护和依法监督工作；会同有关部门依法查处重大生态环境破坏事故与纠纷处理；指导农村环境保护和综合整治、生态示范区创建和生态农业建设工作；协助编制地区有机食品生产基地规划，指导县市有机食品生产基地创建和有机产品的认证申报；组织协调城市综合整治定量考核工作；组织开展全地区环境保护执法检查活动；

3.污染控制科。核定行政编制 2 名（正科 1 名、副科 1名）。

制定全地区环境保护规划和计划，参与制定地区经济和社会发展中、长期规划，参与拟定与环境保护有关的经济、技术、资源配置、产业政策；负责地区内环境污染物防治、总量控制、限期治理、排污申报登记制度、排污许可证制度、危险废物经营许可证管理工作；负责地区开发建设项目的管理和竣工验收工作以及地区企事业单位新、扩、改建项目的环境影响报告书（表）的审批工作；负责环境保护技术引进，环保设备的质量监督、认证和环境标志管理；监督管理全地区各类污染物的污染防治，组织拟定和修订地方污染物排放标准和技术规范；负责组织重大环境破坏和公害事故的调查及突发性环境污染事故和污染纠纷的处理；负责全地区汽车尾气污染防治环保管理工作；指导清洁生产和污染防治示范工程建设工作；负责全地区环境统计工作，调查地区环境污染分布状况，审核地区环境质量状况公报；监督执行国家排污收费规章、制度和标准；监督执行环境监测制度，负责指导环境监测站计量认证和审核监测分析；管理全地区辐射环境、放射性废物的转移和处置工作。